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Atlas Français des bactéries du sol

Les chercheurs spécialistes de l’écologie microbienne de l’unité mixte de recherche « Agroécologie », rattachée à l’Inra Bourgogne-Franche-Comté, ont réalisé un inventaire des communautés bactériennes des sols de France. Basé sur les techniques les plus en pointe de séquençage d’ADN, ce travail a débouché sur la réalisation de cet atlas qui nous offre un panorama de ces communautés bactériennes, nous sensibilisant à leur importance dans la qualité et la fertilité des sols.

Cet ouvrage est destiné aux chercheurs, étudiants, utilisateurs des sols-agriculteurs, décideurs, industriels, parties prenantes, politiques, bureaux d’étude et lecteurs du grand public désireux de connaître les dernières avancées de la recherche sur le patrimoine microbiologique des sols français, son déterminisme et les fonctions qu’il porte.

Un ouvrage unique tant par le sujet traité, que par des représentations originales qui nous permettent d’appréhender le monde bactérien des sols.

Pour permettre plusieurs niveaux de lecture tout en favorisant un accès rapide à l’information, l’Atlas Français des Bactéries des sol est construit en six parties organisées comme suit :

  • La première partie de cet ouvrage rappelle et vulgarise les grandes généralités scientifiques et techniques nécessaires à la bonne compréhension des parties.

  • La seconde partie décrit les méthodologies utilisées pour la réalisation de cet Atlas, de l’échantillonnage à l’analyse des données en passant par les méthodes moléculaires et bio-informatique de l’acquisition des données microbiologiques.

  • La troisième partie de l’ouvrage consiste en un portfolio de photos de souches bactériennes isolées des sols. Cinq grands phyla ou sous-phyla sont représentés.

  • La quatrième partie de l’ouvrage présente la distribution à l’échelle du territoire national d’indicateurs microbiens globaux : la biomasse moléculaire microbienne ; la diversité bactérienne ; la structure des communautés bactériennes ; et les réseaux d’interactions biotiques entre taxons bactériens. Chaque indicateur est décrit par une fiche synthétisant à la fois des informations générales et une analyse de sa distribution spatiale (cartographie et interprétation des facteurs environnementaux influents).

  • La cinquième partie de l’ouvrage s’intéresse plus spécifiquement aux taxons bactériens identifiés dans les sols de France. Cette partie est aussi organisée sous forme de fiches pour chaque taxon bactérien référencé dans les sols français (analysé ici à l’échelle du phylum).

  • La sixième et dernière partie de cet ouvrage définit les grands habitats des bactéries des sols en France. La caractérisation de tels habitats constitue une approche innovante et s’appuie sur l’intégration et la confrontation de toutes les données environnementales disponibles et des variations de composition des communautés bactériennes.



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Battle Karimi est post-doctorante dans l’UMR Agroécologie à l’INRA de Dijon et s’intéresse à l’écologie des communautés microbiennes. Elle a intégré l’équipe de recherche Biocom en 2016 afin d’analyser l’ensemble des données environnementales et microbiologiques issues du RMQS (Réseau de Mesures de la Qualité des Sols) et de les valoriser sous la forme du présent ouvrage. Elle a participé à la rédaction et à la mise en forme de la majeure partie de l’atlas, et a coordonné son avancement au sein de l’équipe d’auteurs.

Nicolas Chemidlin-Prévost Bouré est maître de conférences en biologie des sols à AgroSup Dijon et membre de l’UMR Agroécologie. Spécialisé en écologie des communautés microbiennes de sol, il s’intéresse particulièrement à la biogéographie des micro-organismes, c’est-à-dire à leur distribution dans l’espace et dans le temps en lien avec les facteurs de l’environnement.

Samuel Dequiedt est ingénieur d’étude à l’INRA de Dijon dans l’UMR Agroécologie.
Expert dans la gestion des données et les analyses statistiques, il intervient dans les projets portant sur l’écologie microbienne à grande échelle (RMQS, paysages agricoles, etc.). Travaillant en collaboration avec les agriculteurs et les professionnels, il a acquis une expertise dans le transfert et la vulgarisation des connaissances sur l’écologie des micro-organismes et les outils de diagnostic de la qualité des sols.

Sébastien Terrat est maître de Conférences à l’université de Bourgogne-Franche-Comté et membre de l’UMR Agroécologie. Spécialisé en écologie microbienne du sol et en bio-informatique,

Lionel Ranjard est directeur de recherche à l’INRA de Dijon dans l’UMR Agroécologie. Il est spécialiste en écologie microbienne du sol et a coordonné depuis 2006 différents projets (ANR, ADEME, France Génomique, Eu) qui ont permis de développer la thématique de biogéographie microbienne par l’application des outils de métagénomique du sol sur le RMQS. Il a coordonné la publication de l’ouvrage avec la maison d’éditions Biotope.

  • Auteur : Battle Karimi , Nicolas Chemidlin-Prévost Bouré , Samuel Dequiedt , Sébastien Terrat , Lionel Ranjard
  • Nombre de pages : 192
  • ISBN : 9782366622195
  • Editeur : Biotope / Publications scientifiques du MNHN
  • Type de couverture : Rigide
  • Année de parution : 2018
  • Poids en kg : 1.5
  • Au catalogue printemps : oui
  • Au catalogue hiver : oui
  • Au catalogue libraires : oui

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Cet ouvrage est destiné aux chercheurs, étudiants, utilisateurs des sols-agriculteurs, décideurs, industriels, parties prenantes, politiques, bureaux d’étude et lecteurs du grand public désireux de connaître les dernières avancées de la recherche sur le patrimoine microbiologique des sols français, son déterminisme et les fonctions qu’il porte.

Un ouvrage unique tant par le sujet traité, que par des représentations originales qui nous permettent d’appréhender le monde bactérien des sols.

Pour permettre plusieurs niveaux de lecture tout en favorisant un accès rapide à l’information, l’Atlas Français des Bactéries des sol est construit en six parties organisées comme suit :

  • La première partie de cet ouvrage rappelle et vulgarise les grandes généralités scientifiques et techniques nécessaires à la bonne compréhension des parties.

  • La seconde partie décrit les méthodologies utilisées pour la réalisation de cet Atlas, de l’échantillonnage à l’analyse des données en passant par les méthodes moléculaires et bio-informatique de l’acquisition des données microbiologiques.

  • La troisième partie de l’ouvrage consiste en un portfolio de photos de souches bactériennes isolées des sols. Cinq grands phyla ou sous-phyla sont représentés.

  • La quatrième partie de l’ouvrage présente la distribution à l’échelle du territoire national d’indicateurs microbiens globaux : la biomasse moléculaire microbienne ; la diversité bactérienne ; la structure des communautés bactériennes ; et les réseaux d’interactions biotiques entre taxons bactériens. Chaque indicateur est décrit par une fiche synthétisant à la fois des informations générales et une analyse de sa distribution spatiale (cartographie et interprétation des facteurs environnementaux influents).

  • La cinquième partie de l’ouvrage s’intéresse plus spécifiquement aux taxons bactériens identifiés dans les sols de France. Cette partie est aussi organisée sous forme de fiches pour chaque taxon bactérien référencé dans les sols français (analysé ici à l’échelle du phylum).

  • La sixième et dernière partie de cet ouvrage définit les grands habitats des bactéries des sols en France. La caractérisation de tels habitats constitue une approche innovante et s’appuie sur l’intégration et la confrontation de toutes les données environnementales disponibles et des variations de composition des communautés bactériennes.



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